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国内AI蛋白质技术平台公司分子之心创始人兼首席科学家许锦波日前表示，未来蛋白质有望能够实现“按需设计”，并将对医药、环保、材料、食品、农业等行业发展起到极大的推动作用。
许锦波说，如果将生命体比作城市，蛋白质就是城市建设的基础材料和城市运行的基本单位。在深入蛋白质结构研究领域15年后，2016年的全球蛋白质结构预测比赛（CASP）中，他的RaptorX-Contact方法，证明AI可以大幅提升蛋白质结构预测精度。未将技术运用于产业，更切实地解决实际问题，他又将视野转向应用空间更大的AI蛋白质优化设计方向。
图为从氨基酸到蛋白质（模拟）
如果说“AI蛋白质结构预测”是“放大镜和透视镜”，能够帮助人们快速“看清”蛋白质的结构和功能，那么“AI蛋白质设计”不仅可以对自然界中已经存在蛋白质进行调整改造，甚至还可以设计出一些蛋白质。例如，如果能够设计出新颖的蛋白药物，将会有更大的概率解决当前人类遇见的许多疑难杂症，如果能够开发出更多优质安全的替代蛋白食品，就可以丰富人类的营养来源、缓解食品短缺问等。
带着这样的愿景，2021年底许锦波回国并于次年创办了公司分子之心。团队成员涉及的领域，包括生物、AI、药物和临床等等，是一支兼具AI、生物交叉背景与深厚产业经验的复合型人才团队。团队里80%是研发人员，核心研发团队里九成以上是博士。
2021年，分子之心推出了自主研发的功能完整的AI蛋白优化与设计平台MoleculeOS，填补了世界范围内尚没有功能完整的AI蛋白质设计和优化平台的空白。在2023世界人工智能大会上，分子之心又推出了集成序列、结构、功能和进化的产业级AI蛋白质生成大模型——达尔文（NewOrigin），这也是面向生物经济时代的基础设施级底层大模型。
除了技术上的持续突破，分子之心也将先进的技术应用到生物制造、生物医药等多个产业领域，在大幅降低产品研发时间的同时，还提高了成功率。例如，曾经有一家中国合成生物学的龙头企业抛给分子之心一个产业难题，用其他的方法或AI工具很难完成，但分子之心综合运用AI蛋白质技术和量子化学、分子动力学等科学计算方法，只花了6个月就完成了这项原本需要2到3年完成的任务。而且实验数据显示，效率提高了5倍。
“技术层面，希望AI蛋白质设计真的能做到‘按需设计’。近期的目标是，AI设计出的几十个分子里，能有1到2个达标的。长期目标是，AI每一个设计出来的分子，都能符合定制化要求。产业化方面，希望通过AI蛋白质技术，设计出真正、实用、有用的产品。”许锦波表示，如果要用爬山来做比喻，AI蛋白质设计才刚刚到达“山脚下”，要真实了解产业需求，将技术真正落地、解决问题，还有很长一段路要走。分子之心在脚踏实地解决产业中实际的问题，而不是说只开发一些通用算法，希望能打造出中国生物经济的基础设施。
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